در نفي مشروطه
«مشروطه‌اي كه از ديگ پلوي سفارت انگليس بيرون بيايد به درد ما ايراني‌ها نمي‌خورد.»
اين جمله شايد كليدي‌ترين اظهارنظر شيخ‌فضل‌الله درباره مشروطه باشد. شيخ‌فضل‌الله خود از طرفداران مشروطه بود اما بيش از آن هوادار اسلام بود.
«من والله با مشروطه مخالفت ندارم، با اشخاص بي‌دين و فرقه ضاله و مضله مخالفم كه مي‌خواهند به مذهب اسلام لطمه وارد بياورند. روزنامه‌ها را كه لابد خوانده‌ايد كه به انبيا و اوليا توهين مي‌كنند.»
پس از فتح تهران هم پيش از آن كه او را به اتهام همراهي با استبداد دستگير كنند از سفارت روسيه بارها به شيخ پيشنهاد پناهندگي و فراز از اعدام دادند. شيخ نپذيرفت. گفت: «اسلام زير بيرق كفر نمي‌رود.» شيخ شهيد تفاوت‌هاي اعتقادي فراواني با مشروطه‌خواهان روشنفكر داشت، اما همين ويژگي به جاي او سبب شد كه به جاي آنكه مانند تقي‌زاده در زمان به توپ بسته شدن مجلس به سفارت انگليس پناهنده شود، در خانه بماند و با خونش ثابت كند كه مشروطه‌خواهي اول و مشروطه‌ستيزي آخرش همه در يك جهت بوده است. جلال آل‌احمد سال‌ها بعد درباره او گفت: من نعش آن بزرگوار را بر سر دار همچون پرچمي مي‌دانم كه به علامت استيلاي غربزدگي پس از دويست سال كشمكش بر بام سراي اين مملكت افراشته شد و اكنون در لواي اين پرچم، ما شبيه به قومي از خود بيگانه‌ايم.
پس از شيخ فضل‌الله چند تن ديگر از علما هم از مشروطه‌اي كه به قول او از ديگ پلوي سفارت انگليس درآمد تبري جستند. از آيت‌الله سيدعبدالحسين لاري نقل كرده‌اند: «مذهب ما مذهب مخطئه است نه مصوبه و خطا بر غير معصوم جايز است. سركه انداختيم، شراب بيرون آمد!».
مرحوم نائيني هم در اواخر عمر خويش ضمن جمع‌آوري نسخه‌هاي كتاب «تنبيه‌الامه و تنزيه‌المله» نه تنها از فعاليت‌هاي مشروطه‌خواهي كناره جست، بلكه ديگر حتي نام مشروطه را به زبان نياورد و به هيچ گفتگويي كه مربوط به مشروطه بود نيز گوش نداد.»
مرحوم آيت‌الله شيخ عبدالله مازندراني چهارده ماه پس از شهادت شيخ‌فضل‌الله، رنج‌نامه پرسوز و گدازي براي يكي از دوستان خويش نوشت وي همچنين وقايع بعدي مشروطه را از قبيل ماقُصِدَ لمْ يَقَعْ و ما وَقَعَ لَمْ يُقْصَدْ (آنچه خواستيم نشد و شد آنچه نخواستيم) معرفي كرد.